XVIII siècle, trois amis, orphelins, vont se retrouver au centre d’un nouvel affrontement….Alone détestant la violence et rêvant de devenir un peintre célèbre, sa sœur Sasha et Tenma véritable bagarreur et tête brûlée…
Le destin les pousse à se séparer, chacun suivant sa route, mais avant de se séparer ils promettent de se retrouver en scellant leur amitié par un symbole : un bracelet de fleurs tissé par Sasha à leur poignet.
Tenma termine sa formation de chevalier sous les ordres de Dhoko le chevalier d’or de la balance et devient le Chevalier de bronze Pégase. Au sanctuaire, il retrouve Sasha qui se révèle être la réincarnation d’Athéna de cette époque. Mais à l’aube de ces retrouvailles, une nouvelle guerre Sainte éclate…..

Après avoir empêché plusieurs tentatives d’assassinat envers Athéna, un groupe mené par Dokho, Shion ,chevalier d’or du Bélier, Yato, chevalier de bronze de la Licorne, et Tenma partent en expédition vers son village natal en proie aux armées d’Hadès. Ils finissent par se retrouver face à Alone …Le nouvel ennemi n’est autre que le meilleur ami de Tenma qui s’est « éveillé » à l’esprit d’Hadès … Ce premier duel entre les deux amis tourne au drame puisque Tenma sera laissé pour mort…. relié à vie uniquement par le bracelet à son poignet contenant un peu de cosmos d’Athéna… Yuzuriha, jeune fille disciple du grand sage de Jamir ,Hakureï, ,accompagnera alors Yato pour ramener l’âme de Tenma du royaume des morts grâce à son maître et à la technique des chevaliers du Cancer (Vagues d'Hadès (Seki Shiki Meikai Ha). Elle l’aidera à récupérer les fruits du magnolier des Enfers, seul moyen d’empêcher la résurrection des spectres.

Le sanctuaire n’est pas épargné par les attaques et les tentatives d’invasion des troupes d’Hadès, mais le chevalier d’or des Poissons Albafica entre en scène et s’oppose à eux… Et notamment à Minos, l’un des trois juges des Enfers! Un combat dantesque commence entre les deux guerriers…Grâce à sa bravoure et ténacité, le chevalier des Poissons finira par l’emporter mais y laissera sa vie.
De retour du royaume des ombres, Tenma retrouve Asmita, chevalier d’or de la Vierge qu’il avait croisé et affronté aux enfers afin de lui prouver sa valeur…. Ce dernier s’oppose aux spectres venus les affronter à leur retour à Jamir …. Malgré la puissance colossale d’Asmita, les spectres ressuscitent sans cesse ! Il vient donc le moment pour lui d’augmenter sa cosmo énergie à son paroxysme et de se sacrifier afin donner vie au rosaire et ainsi éliminer définitivement les spectres. Avant de mourir, il demande à Tenma de veiller sur Athéna.
Le chevalier des poissons n’est plus, mais quelques spectres trainent encore dans les environs du sanctuaire. Ils sont très vite éliminés par le chevalier d’or du Taureau Aldébaran… C’est alors que le spectre Kagaho du Bénou fait son apparition … Le combat tourne à la démonstration de force tant les deux adversaires sont puissants et valeureux … Maintes fois à la limite de perdre le combat, Aldébaran fini par prendre l’avantage sur son adversaire mais décide d’épargner sa vie. Pour lui, le spectre n’est pas mauvais …

La barrière de protection qu’’Athéna avait mis en place au début de la guerre sainte autour du sanctuaire pour empêcher la résurrection des spectres commence à s’affaiblir… Alone en profite pour s’y infiltrer et se présente devant sa sœur Sasha/Athéna. Responsable direct de sa protection, le chevalier d’or du sagittaire Sisyphe, s’oppose au Dieu des enfers en lui décochant sa flèche d’or, mais celle-ci lui est retournée instantanément … Il s’écroule et plonge dans un coma profond… C’est alors que Tenma apparait, revenant de Jamir et tenant à la main le rosaire aux 108 spectres fabriqué par Asmita. Aidé par Athéna, le Grand Pope Sage, décide de téléporter leur adversaire à la tour du démon pour clôturer définitivement cette guerre mais leur tentative échoue ….Pandore intervient pour aider Hadès. Avant de partir, le Dieu des Enfers leur révèle le nom du tableau destiné à détruire l’humanité… le « Lost Canvas ».

Les Dieux jumeaux Hypnos et Thanatos sont furieux que Pandore ait laissé partir Alone seul au sanctuaire et lui demande de résoudre définitivement le problème qui l’empêche de se concentrer sur sa toile… Elle décide donc d’envoyer Wimber de la chauve-souris et Cube du Dullahan prendre la vie du chevalier Pégase, seul responsable à ses yeux du comportement d’Hadès. A deux doigts de réussir, les deux spectres sont interrompus par Aldébaran. Ils s’attaquent au chevalier d’or très affaibli par son combat précédant contre Kagaho. Dans une ultime attaque, le Saint se débarrasse de ses adversaires mais il y laisse la vie… Tenma se réveille auprès du corps sans vie de son ami ramené par Kagaho. Il lui confie que c’est Pandore qui envoie des troupes pour l’éliminer et s’en va, disant avoir réglé sa dette envers le chevalier du Taureau.

Tenma s’enfuit du sanctuaire par culpabilité et chagrin… Il est rattrapé par Manigoldo, le chevalier d’or du Cancer responsable de sa protection et le place en sécurité dans une cellule du sanctuaire. Pandore, sous les conseils des Dieux Jumeaux, n’a pas d’autre choix que d’enfermer Hadès dans une cage dimensionnelle afin qu’il continue son œuvre et élimine les dernières traces d’Alone qui subsiste encore en lui. Délivré par Yato et Yuzuriha, sous les commandements du maître Hakureï, Tenma et nos deux amis se mettent en route pour le château d’Hadès, salués une dernière fois par Athéna. En effet, seul Tenma est en mesure d’atteindre Hadès puisque leurs destins sont étroitement liés …

Tenma, Yato et Yuzuriha font désormais route vers le château d'Hadès....
Ils arrivent au village de Tenma remplacé par une forêt à l’atmosphère lourde et glauque. Ils sont séparés par une attaque d'oiseaux.... Yuzuriha se retrouve face à l'image de son frère décédé, Yato aux prises avec un énorme insecte, quant à Tenma, après s'être défait d'une armée de mort vivants, il est guidé par le son d'un orgue....
Le joueur d'orgue se présente sous le nom de Veronica du Nasu, gardien de la forêt de la mort et sous le joug de Thanatos... Nos trois amis enfin réunis ont du mal à contenir les assauts des morts vivants commandés par le spectre... Tout semble perdu, lorsque Manigoldo du Cancer s'interpose...
Grâce à son attaque des Seki Shiki Meikai Ha (Vagues d'Hadès) ,il envoie les âmes des zombis outre-tombe. Le combat tourne très facilement à l'avantage du Saint du Cancer qui semble même s'amuser de son adversaire. Dans une attaque suicide et sous les ordres du Dieu de la mort, Veronica fond sur le chevalier d'or et explose, faisant disparaître par la même occasion l'illusion de la forêt.

Profitant de la transmission dimensionnelle entre Thanatos et Veronica, Manigoldo retrouve la trace du Dieu de la mort et se présente devant lui... La différence de force entre les deux adversaires semble incommensurable... Alors que le Saint est en difficulté, son maître, le Pope Sage, ex-chevalier d'or du Cancer, vient lui prêter main forte.
Même en unissant leurs forces, Thanatos maitrise parfaitement le combat, renvoyant systématiquement les attaques du maître et de son disciple. Dans une ultime tentative, ils arrivent à dissocier l'âme de Thanatos de son corps physique et Manigoldo, reconnaissant envers celui qui lui tout appris, se sacrifie pour éliminer le corps de substitution de Dieu de la mort. Choisissant comme nouveau réceptacle le corps du Pope, Thanatos tombe dans le piège tendu par Sage. En effet, en ayant revêtu l'armure de l'Autel de son frère Hakureï, le pope scelle l'âme de Thanatos dans l'arche sacrée, mais y laissera sa vie, meurtri par les blessures internes infligées par le Dieu.



Hypnos ne semble pas affecté par la défaite de son frère… Un sommeil de plusieurs siècle le fera réfléchir à son erreur d’avoir sous estimé les humains. Soucieux que Sisyphe n’en sache trop sur le monde des rêves et n’en informe Hakureï, Hypnos dépêche l’un de quatre Dieux du sommeil (Ikelos) voler l’âme du chevalier au sanctuaire pour l’enfermer à « Morphia ». Très proche de Sisyphe, El Cid, chevalier d’or du capricorne supplie Athéna d’aller secourir son ami. Le Saint d’or se retrouve face aux quatre Dieux du sommeil. Opposé à Ikelos qui peut distordre l’espace, le chevalier perd un bras que Phantasos s’empresse de récupérer comme trophée.

Débarrassés momentanément d’El Cid, les quatre Dieux se mettent en chasse du chevalier Pégase afin de l’envoyer corps et âme dans le royaume des songes afin qu’il ne puisse jamais se réincarner….
Guidé par la résonnance de son armure d’or, El Cid parvient jusqu’au monde des rêves et se débarrasse de Phantasos grâce au tranchant de son épée. La défaite du Dieu provoque l’éveil de Tenma dans le royaume des rêves…
Bien décidé à terminer son combat contre le chevalier du capricorne, Ikelos se présente devant le Saint. En utilisant son propre sang pour localiser les distorsions de l’espace, El Cid repère son adversaire et le décapite ….

Tenma quant à lui, se réveille face à Morphée… Perdant une à une toutes ses émotions face à l’attaque du Dieu, Tenma, dans un état de transe, revêt son armure divine…. Il n’a aucun mal à se défaire de Morphée qu’il pulvérise d’une seule attaque puis revient à lui en portant ses armes habituelles.
Oneiros, le dernier des quatre Dieux, fusionne avec ses frères. El Cid lance un appel à Athéna pour la guider jusqu’au royaume des rêves, car il sait que seule la Déesse pourra arracher Sisyphe de son sommeil…. Sasha arrive dans le monde des rêves et constate avec froideur que Sisyphe se sent comme seul responsable de cette guerre sainte. En l’ayant arrachée à son entourage pour la mettre à l’abri au sanctuaire, il est intervenu dans les affaires des Dieux... Il est donc rongé par la culpabilité et refuse de sortir de sa léthargie. Elle finit par lui faire retrouver la raison et le ramène au Sanctuaire.
Il lance alors une flèche chargée de la cosmo énergie d’Athéna vers le lieu du combat entre El Cid et Oneiros. Le chevalier du Capricorne découpe avec son épée la flèche d’or en quatre morceaux qui frappent les quatre parties fusionnées d’Oneiros en même temps. N’ayant aucune excuse pour expliquer sa défaite à son maître, Oneiros veut emporter avec lui l’âme de Tenma… Mais El Cid s’interpose, et se sacrifie pour sauver la vie du chevalier Pégase.



L’heure de l’ultime bataille approche… Toute l’armée d’Athéna, sous le commandement de Sisyphe, est téléportée devant le château d’Hadès. Ils sont en attente du signal d’Hakureï missionné pour enlever la barrière de protection autour du château … Ne ressentant pas les effets de la barrière grâce à l’épée baignée par le sang d’Athéna lors de la précédente guerre sainte, le maître de Jamir arrive au centre du champ de force. Il n’est pas surpris de voir apparaitre le dernier des Dieux Jumeaux : Hypnos….

Le Dieu lui présente les corps évanouis de Shion et Yuzuriha, ses disciples venus l’aider sans sa permission. En invoquant les âmes des chevaliers de la précédente guerre Sainte et en les combinant avec la sienne, Hakurei parvient à vaincre Hypnos et à sceller son âme…. Sur le point de réussir sa mission, Hakurei est stoppé et tué par Hadès. Tenma,Yato et Dokho arrive sur les lieux.
Ni Shion, ni Tenma n’arrive à déstabiliser Hadès. Dohko intervient de justesse pour sauver le chevalier Pégase … Shion refuse de laisser Tenma dont le destin est lié à celui d’Hadès mourir ici….Il téléporte Tenma, Yato et Yuzurhia loin du combat et laisse Dhoko seul en prise avec le Dieu de la Mort. Le Saint de la balance se lance sur le Dieu pour permettre au groupe de s’enfuir et y trouve le salut éternel.
Le château s’effondre sur les corps des chevaliers mort au combat et sur un ciel recouvert d’une peinture de plus en plus étendue …. Le « lost Canvas » le nouveau palais d’Hadès….